С началом Великой Отечественной войны он активно включился в работу по организации помощи Красной Армии. При его непосредственном участии были созданы для борьбы в тылу врага два партизанских отряда и пять подпольных групп. 2 февраля 1942 года партизаны, под руководством Алексея Бондаренко, разгромили вражеский гарнизон города Трубчевска. Партизаны оставили город, захватив большие запасы оружия, боеприпасов и продовольствия. К отряду присоединились более четырёхсот освобождённых из плена бойцов и командиров Красной Армии.
Под руководством комиссара Бондаренко с населением районов, занятых врагом, была проведена большая массово-политическая работа. Жители Брянщины подписались на военный заём на миллион рублей и собрали в Фонд обороны пятьсот тридцать тысяч рублей.
Указом Президиума Верховного Совета СССР «О присвоении звания Героя Советского Союза партизанам, особо отличившимся в партизанской борьбе в тылу против немецких захватчиков» от 1 сентября 1942 года за «отвагу и геройство, проявленные в партизанской борьбе в тылу против немецких захватчиков» удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 776).
В 1944 году в звании полковника ушёл в запас. В 1944—1947 годах — секретарь Брянского областного комитета ВКП(б). В 1950 году окончил Высшую партийную школу при ЦК КПСС и с этого же года работал вторым, затем первым секретарём Брянского, а с 1955 года — секретарём Тамбовского областного комитета КПСС.
__Будьте в курсе ключевых исторических событий вместе с проектом __Международная Историческая Инициатива