После начала Великой Отечественной войны, по поручению обкома партии отвечал за эвакуацию из северных районов области материальных ценностей и кадров, координировал деятельность истребительных батальонов и развертывание сети подпольных организаций и партизанских отрядов, готовил для них кадры. После оккупации Чернигова немецкими войсками во главе группы работников обкома перешёл линию фронта и развернул боевую деятельность в северных районах Черниговской области как командир областного партизанского отряда численностью 186 человек.
В течение апреля–июня 1943 г. отряды соединения рейдировали по районам Черниговской области, нападая на оккупационные органы противника в административных центрах и посты полиции, разрушая промышленные и сельскохозяйственные объекты, подрывая вражеские эшелоны. В мае-июне 1943 года соединение провело ряд удачных операций по уничтожению гарнизонов врага. Диверсионными группами на железнодорожных участках Гомель-Брянск и Гомель-Бахмач было пущено под откос 122 вражеских эшелона с живой силой и техникой противника. Станция Низковка надолго была выведена из строя.
В конце июня 1943 года, накануне битвы на Курской дуге, в ходе осуществления противником широких акций против партизан на Восточном фронте, Черниговское партизанское соединение было вынуждено отойти в Злынковские леса Орловской области, где было заблокировано значительными силами врага. С 25 июня по 6 июля 1943 г. черниговские партизаны отбивали многочисленные атаки противника.
В ночь с 6 на 7 июля 1943 года близ села Софиевка противник плотным кольцом окружил лес, где расположилось соединение партизан. В бою в районе сёл Парасочки и Рогово Н.Н.Попудренко погиб.
Был похоронен в Чернигове в центре города возле Красной площади в сквере, носящем его имя.
__Будьте в курсе ключевых исторических событий вместе с проектом __Международная Историческая Инициатива