С сентября 1941 года — первый секретарь Черниговского, с марта 1943 года — также Волынского подпольных обкомов партии, одновременно командир Черниговско-Волынского партизанского соединения НКВД СССР, действовавшего на Украине, в Белоруссии и в Брянских лесах России. В эти годы раскрылся талант Алексея Фёдорова как выдающегося организатора партизанской войны, одного из создателей партизанской тактики. Под его руководством отряды партизан превратились в соединение, осуществлявшее важные боевые операции по уничтожению живой силы и техники врага. Комиссаром в его соединении был Герой Советского Союза В. Н. Дружинин.
Бронзовый бюст Алексея Федоровича Федорова установлен в городе Днепропетровске 9 мая 1948 года в честь трёхлетия победы в Великой Отечественной войне. В 2022 году бюст снят украинскими властями в рамках политики по "декоммунизации" страны.
Будьте в курсе ключевых исторических событий вместе с проектом Международная Историческая Инициатива