С 23 января 1783 года вице-адмирал Федот Алексеевич Клокачев стал командующим флота на Азовском и Черном морях и с лета того же года начал перевод главной базы флотилии из Керчи в Ахтиарскую бухту, где незадолго до того (контр-адмиралом Фомой Мекензи по его поручению) было положено начало новому городу и крепости - Севастополю. Таким образом, Клокачёв стал первым главным командиром Черноморского флота. В конце того же года Клокачёв представил в Адмиралтейств-коллегию первую карту Ахтиарской бухты.
13 мая 1783 года отряд судов под его командованием благополучно прибыл в бухту, недалеко от которой располагалась татарская деревня Ахтиар. Этот день считается днем рождения Черноморского флота.
Умер в Херсоне 27 октября 1783 года во время эпидемии чумы. Хоронили его по чумному обряду, на похоронах присутствовал Ф.Ф.Ушаков и всего пара офицеров, в том числе сын адмирала.